תכניות המנהיגות של מגמה ירוקה מיועדות להכשיר את מנהיגי השינוי בישראל, בעלי כושר הובלה, ולעודד צעירים וצעירות למעורבות אזרחית, בדגש על תחום הקיימות.
בבסיס פעילותה של מגמה ירוקה עומדות 2 תכניות מנהיגות: התוכנית להכשרת מארגנים קהילתיים והתכנית למתמחים בקמפיינים לשינוי סביבתי.
התכנית להכשרת מארגנים קהילתיים מיועדת לסטודנטים מצטיינים ולצעירים מרחבי הארץ המעוניינים להוביל שינוי. התוכנית מורכבת מהכשרה עיונית ומעשית, נמשכת שנתיים וכוללת הכשרה בארגון קהילתי ובהובלת קמפיינים לשינוי סביבתי.
המארגנים הקהילתיים מרכזים את הפעילות בקמפוסים ומובילים את התא לבחירת קמפיין ולקביעת האסטרטגיה ותוכנית הפעולה שלו.
התכנית למתמחים בקמפיינים לשינוי סביבתי כוללת הכשרה עיונית ומעשית באחד מחמשת גלגלי הקמפיין: פעילות ציבורית, דוברות ותקשורת, קשרי ממשל, ניו מדיה וקשרי קהילה. את פעילות המתמחים בתאים מלווים וחונכים המארגנים הקהילתיים ואנשי המקצוע המנוסים של מגמה ירוקה.
תכניות המנהיגות של מגמה ירוקה מעודדות מעורבות אזרחית פעילה ופיתוח מנהיגות המצמיחה את דור העתיד של מנהיגי השינוי של ישראל.