ביולי 2008 קיבלה חברת IEI רישיון קידוח בשפלת יהודה, בשטח עצום של 238 אלף דונם. מטרת החברה הייתה לבצע פרויקט ניסיוני מסוכן להפקת נפט, בשיטה שלא נוסתה בקנה מידה מסחרי באף מקום אחר בעולם, ואף נאסרה בארה"ב. החברה ביקשה לחמם את תת הקרקע של שפלת יהודה למאות מעלות, על מנת להפוך חומר שנקרא פצלי שמן לנפט, בתהליך שהיה מביא לזיהום אויר מסיבי ופליטה של חומרים רעילים, ויש שאומרים שאף היה מסכן את מי התהום. ב- 2009 התחילה החברה בקידוחי סקר תחת האמירה השקרית שהם מבצעים קידוחי מים – אז נדלקה נורה אדומה אצל תושבי האזור שגייסו גופים רבים למאבק, בניהם מגמה ירוקה, אדם טבע ודין, קק"ל רשות הטבע והגנים, גרינפיס ואחרים.
מגמה ירוקה תרמה רבות למאבק במרוצת השנים, ובעיקר במשורת האחרונה – בשנה שקדמה לישיבת הועדה המחוזית שהתכנסה כדי לדון באישור פרויקט פצלי השמן. החל מספטמבר 2013 הצטרף תא גבעת רם (האוניברסיטה העברית בירושלים) למאבק. התא פעל רבות על מנת לחשוף לעיני הציבור את הפרויקט, בין היתר התעמתו חברי התא עם אפי איתם (שר ואיש צבא לשעבר, כיום מנכ"ל ג'יני אנרגיה – חברת האם של IEI).
בשבוע שקדם לועדה איתם השתמש בקשריו הפוליטיים על מנת לקבוע פגישות בארבע עיניים עם אישים בחירים ובעלי השפעה כמו גדעון סער (שר הפנים), בעוד שקואליציית המאבק לא הורשתה להיפגש עם אותם גורמים עד לאחר הועדה. על מנת לחשוף את העוול, חברי מגמה ירוקה צלמו סרטון שבו נראה אפי איתם מגיע למשרדו של ראש העיר ירושלים, ימים ספורים לפני הועדה המחוזית המכריעה. בעקבות החשיפה, הסכים ניר ברקת להיפגש עם חברי תא מגמה ירוקה, ושמע את טענותיהם. הסרטון שהופץ ברשת קיבל עשרות אלפי צפיות ואף התפרסם בתוכנית צינור לילה, מה שהביא לחשיפה משמעותית ולתמיכה ציבורית במאבק, ימים ספורים לפני הועדה המכריעה.
בספטמבר 2014 החליטה הועדה המחוזית ברוב מוחץ של 13 מול אחד לעצור את אסון פצלי השמן בשפלת יהודה. עם זאת, חברה אחות של IEI – חברת אפק, מתכננת קידוחי נפט ברמת הגולן – על יד מקורות הכנרת) ככל הנראה בשיטת הפראקינג הידועה לשמצה שכבר נאסרה באירופה). מגמה ירוקה מעורבת היום גם במאבק הזה, כאשר לאחרונה, בעקבות ההתנגדות לפרויקט, הוציא בג"ץ צו ביניים שאוסר על אפק לבצע קידוחים בגולן עד להודעה חדשה.
עדי רותם, שהייתה אז רכזת תא גבעת רם במגמה ירוקה ופעילה מובילה בהווה, מספרת: "הניצחון המוחץ הוא חסר תקדים במונחים של מאבקים סביבתיים, הוא מהווה הוכחה שדויד יכול לנצח את גולית. אני מקווה שהניצחון הזה ייתן תקווה גם למאבקים אחרים, ושנצליח לעצור גם את הקידוחים המתוכננים ברמת הגולן."